Virksomheten kontakter en miljøfyrtårnkonsulent som bidrar til å velge bransjekrav. Det er utviklet krav innenfor ulike bransjer (for eksempel rørlegger, hotell, barnehage og skole). Med støtte av konsulenten gjennomfører virksomheten så en miljøanalyse. Når virksomheten oppfyller kravene, kontakter konsulenten kommunens sertifisør. Virksomheten sertifiseres og rapport sendes Stiftelsen Miljøfyrtårn, som registrerer sertifiseringen og sender sertifikat til kommunen. Etter tre år skal virksomheten resertifiseres. Hvert år sender virksomheten en miljørapport med handlingsplan til Stiftelsen Miljøfyrtårn.